三峡库区生态环境教育部重点实验室（ Key Laboratory of Eco-environments in Three Gorges Reservoir Region, Ministry of Education ）是 2003年11月经教育部批准立项建设、2004年6月教育部组织专家进行现场论证、2006年6月通过验收并正式挂牌的教育部重点实验室。实验室以三峡库区水环境、自然生态系统和城镇生态系统为主要研究对象，对三峡工程建设和运行期间库区生态环境的演变和发展规律、库区生态环境的综合调控理论与关键技术以及生态环境领域的前瞻性问题开展系统、持续和深入的研究，为三峡库区环境保护与生态建设实践提供重要的科学依据和技术支撑，以保障三峡水库长期、安全、稳定地运行，并为三峡库区生态环境保护与建设及库区社会经济健康发展服务。现任实验室主任为曾波教授。

实验室主要围绕以下四个方向开展研究工作：①三峡库区水环境质量安全保障理论与技术；②三峡库区陆生生态系统与生物多样性保护；③三峡库区水生生物学与水生生态系统；④城镇生态系统及建筑环境研究。

实验室具有强大的学科支撑。现有生态学、生物学、环境科学与工程3 个一级学科博士点，有生物学、环境科学与工程2 个博士后流动站和生态学国家重点（培育）学科，为实验室建设和发展提供了良好的学科平台。

近年来，实验室在三峡库区典型脆弱陆地生态系统及其修复、三峡库区鱼类生殖发育及水库形成的影响、三峡库区农田生态系统演变及修复技术、城镇污水处理经济适用技术体系、城镇生态环境与节能减排技术体系等领域取得了一系列代表性研究成果。